Der Parsteiner See, der nördlich des Choriner Endmoränenbogens im Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin (ca. 70 km nordöstlich von Berlin) liegt, ist einer der bekanntesten der Region und mit einer Fläche von 1006 ha zugleich der größte.

Es handelt sich um einen mesotroph-alkalischen Klarwassersee, dessen maximale Tiefe bei etwa 30 Metern liegt (die Angaben in verschiedenen Quellen schwanken zwischen 27 und 31 m), die durchschnittliche Tiefe liegt bei ca. 7 bis 7,5 Metern, je nachdem, ob man den Nordteil einbezieht oder nicht.

Der durch die Halbinsel Parsteinwerder und ein breites Verlandungsmoor vom Hauptbecken weitgehend abgetrennte Nordteil (nur eine schmale Fahrrinne verbindet beide Seeteile), wo es durch intensive Karpfenmast zur DDR-Zeit zu starker Eutrophierung und mächtiger Faulschlammbildung kam, bringt es auf eine Tiefe von maximal 9 Metern.

Der Gesamtwasserkörper umfasst 71,3 Millionen m³.

Ursprünglich war dieser See oberirdisch abflusslos. Seit dem Bau des Nettelgrabens durch die Zisterziensermönche entwässert er nun in den Amtssee, dann weiter über die Ragöse, den Finow- und den Oder-Havel-Kanal, wodurch er in das Flusseinzugsgebiet der Oder einbezogen wurde. Hierdurch kam es zu veränderten Wasserständen und einer Absenkung des Seespiegels um etwa einen Meter. Außerdem wurde zur damaligen Zeit das Einzugsgebiet durch die Anlage mehrerer Gräben erweitert, wodurch es heute eine Fläche von 103 km² umfasst. Ein spezielle Staueinrichtung an der Prottenlanke hilft, die Abflussmenge zu regulieren und somit eine stärkere Wasserrückhaltung in der Landschaft zu gewährleisten.

Der Zufluss umfasst natürliche und künstliche Fließgewässer (erstere untergeordnet), Stau- und Flurabzugswasser. Nach Mauersberger & Mauersberger (1996) ist auch von einer Grundwasserbeeinflussung auszugehen.

Der Parsteiner See liegt in einem Gletscherzungenbecken des Pommerschen Stadiums der Weichselvereisung.