Die Biomasse in einem Gewässer ist abhängig vom Nährstoffgehalt. Nitrat und Phosphat werden beim Abbau organischen Materials freigesetzt und durch die Vollzirkulation gleichmäßig verteilt. Während der Sommerstagnation dagegen konzentrieren sie sich auf den Bereich des Hypolimnions, wodurch es in manchen Seen zu einer Reduktion des Planktons im Epilimnion kommen kann, da CO₂ und Nährstoffe mehr und mehr aufgebraucht werden.

Beim Parsteiner See gilt dies für den überwiegenden Teil nicht, die Nährstoffverfügbarkeit ist hier nicht auf die Vollzirkulationsphasen beschränkt. Durch den mesotrophen Charakter des Hauptbeckens kommt es aber dennoch zu einem übermäßigen Anstieg Planktongehalts.

Oligotrophe Gewässer sind besonders nährstoffarm, aber artenreich, doch ist die Individuendichte gering - die Lebensgemeinschaft ist somit in einem gesunden Gleichgewicht. Plankton kann sich hier nicht nennenswert vermehren und somit weisen solche Seen ganzjährig große Sichttiefen auf.

Kommt es aber nun zu übermäßigem Nährstoffeintrag durch menschliches Zutun (kommunale Abwässer, Ausbringung von Gülle auf landwirtschaftlichen Flächen in der Umgebung, Fischmast u.a.), können sich die Verhältnisse drastisch ändern. Die Primärproduktion kann enorm zuehmen, Phytoplankton sich massenhaft vermehren, so dass ein Ungleichgewicht zwischen Produzenten, Konsumenten und Destruenten entsteht. Auch die Artenzusammensetzung verändert sich: die auf Überdüngung empfindlich reagierenden Pflanzen (Armleuchteralgen, Laichkräuter) weichen und werden nach und nach durch unempfindlichere Arten (z.B. Rauhes Hornblatt) ersetzt.

Den Hauptbestandteil des pflanzlichen Planktons machen die Kieselalgen aus, deren relative Artenzusammensetzung Rückschlüsse auf den Trophiegrad und damit die Nährstoffbelastung zulässt.

Kieselalgen besitzen eine Schale aus Siliziumdioxid (daher der Name), die nach dem Absterben der Zellen erhalten bleibt, während der organische Anteil zersetzt wird.

Nimmt die Planktondichte in der oberen Wasserschicht (trophogene Zone) durch überhöhten Nährstoffgehalt übernormal zu, kommt es zur Eintrübung des Wassers und damit zur Abnahme der Sichttiefe. Das Licht dringt nicht mehr so weit vor, was zum Absterben der tiefer lebenden Pflanzen führt, weil dort keine Photosynthese mehr möglich ist. In diesem sogenannten tropholytischen Bereich wird (insbesondere durch heterotrophe Organismen) mehr Sauerstoff verbraucht als produziert. Herabsinkendes Plankton, das sich nahe der Wasseroberfläche massenhaft vermehrt hat, stirbt durch Verbrauch seiner Vorräte ab. Das Sauerstoffdefizit im Hypolimnion hat zur Folge, dass (zumindest vorübergehend) aerobe Destruenten durch anaerobe ersetzt werden, wodurch organisches Material nur unvollständig zersetzt wird. Es entsteht eine Faulschlammschicht aus Plankton-Detritus.

Normalerweise sind diese Verhältnisse typisch für eutrophe, vor allem aber poly- und hypertrophe Gewässer (ein Extrembeispiel wäre der Kleine Stadtsee zwischen Eberswalde und Britz), doch auch in den flachen Buchten des Parsteiner Sees kann es zu dramatischen Veränderungen kommen, wie es z.B. in der Pehlitzlaake der Fall war, aber auch der gesamte Nordteil hat (wie bereits erwähnt) stark unter der ständigen Nährstoffzufuhr gelitten. Hier haben sich vor allem Kieselalgen stark vermehrt, aber auch Blaualgen, die ja eigentlich gar keine Algen sind, sondern zu den Bakterien gehören - es handelt sich genau genommen um Cyanobakterien, die als Prokaryoten keinen abgetrennten Zellkern besitzen und daher auch nicht mit Algen verwandt sind. Sie gehören zu den ältesten Lebensformen auf unserer Erde, da ihre Stammesgeschichte fast so weit zurückreicht wie die des Lebens überhaupt, und zwar etwa 3,5 Milliarden Jahre.

Blaualgen sind die einzigen Bakterien, die zur Photosythese fähig sind und dabei sogar einen größeren Teil des Spektrums nutzen als grüne Pflanzen. Ihre effiziente Lichtverwertung ermöglicht es ihnen zudem, dunkle Bereiche zu besiedeln, in denen keine Pflanzen mehr leben können.

Doch nicht nur Schwebealgen vermehren sich bei Überdüngung massenhaft, auch Fadenalgen überwuchern die Makrophyten, wie es auf den Bildern oben zu sehen ist, und ersticken diese schließlich. Bei weiterer Eintrübung des Wassers und Verschlechterung der Lichtverhältnisse sterben auch sie ab und verbrauchen wiederum bei der Zersetzung viel Sauerstoff. Zum Schluss hinterlassen sie eine tote Landschaft.

Viele Gewässer unserer Umgebung (und nicht nur hier) haben unter dem Einfluss des Menschen stark gelitten. Unkontrollierter Nährstoffeintrag beschleunigte den Eutrophierungsvorgang und zerstörte die empfindlichen Ökosysteme.

Der Parsteiner See hat dies (insgesamt betrachtet) relativ gut überstanden und kann sich seit der Erklärung des Gebietes zum Biosphärenreservat wieder erholen.

Der Trophiegrad eines Gewässers ist also kein statischer Zustand, sondern durch schädliche Einflüsse leicht verschiebbar, was in hypertrophen Seen sein Extrem findet. In solchen Gewässern ist eine Wiederbesiedlung durch grundrasenbildende Armleuchteralgen kaum oder gar nicht mehr möglich, da die mächtigen Faulschlammschichten hierfür keine Voraussetzungen bieten, daher ist oft eine sukzessive und verhältnismäßig schnelle Verlandung die Folge.

Vom Ufer her bilden sich schwimmende Überhänge, deren dichtes Wurzelgeflecht sich immer weiter in Richtung Gewässermitte vorarbeitet. In den dunklen Bereichen darunter haben oft Raubfische ihre Verstecke, von denen aus sie ihre Beute überraschen, wie z.B. der tagaktive Hecht, aber auch den Wels findet man hier, wobei dieser solche Höhlen als Ruheplatz nutzt. In der Pehlitzlaake (westlich des Pehlitzwerder) findet man solche Szenerien, die mitunter etwas gespenstisch anmuten, wie auf der entsprechenden Seite „Pehlitzlaake“ zu sehen ist.