Die Biomasse in einem Gewässer ist abhängig vom Nährstoffgehalt. Nitrat und Phosphat werden beim Abbau organischen Materials freigesetzt und durch die Vollzirkulation gleichmäßig verteilt. Während der Sommerstagnation dagegen konzentrieren sie sich auf den Bereich des Hypolimnions, wodurch es in manchen Seen zu einer Reduktion des Planktons im Epilimnion kommen kann, da CO₂ und Nährstoffe mehr und mehr aufgebraucht werden.

Beim Parsteiner See gilt dies für den überwiegenden Teil nicht, die Nährstoffverfügbarkeit ist hier nicht auf die Vollzirkulationsphasen beschränkt. Durch den mesotrophen Charakter des Hauptbeckens kommt es aber dennoch zu einem übermäßigen Anstieg Planktongehalts.

Oligotrophe Gewässer sind besonders nährstoffarm, aber artenreich, doch ist die Individuendichte gering - die Lebensgemeinschaft ist somit in einem gesunden Gleichgewicht. Plankton kann sich hier nicht nennenswert vermehren und somit weisen solche Seen ganzjährig große Sichttiefen auf.

Kommt es aber nun zu übermäßigem Nährstoffeintrag durch menschliches Zutun (kommunale Abwässer, Ausbringung von Gülle auf landwirtschaftlichen Flächen in der Umgebung, Fischmast u.a.), können sich die Verhältnisse drastisch ändern. Die Primärproduktion kann enorm zuehmen, Phytoplankton sich massenhaft vermehren, so dass ein Ungleichgewicht zwischen Produzenten, Konsumenten und Destruenten entsteht. Auch die Artenzusammensetzung verändert sich: die auf Überdüngung empfindlich reagierenden Pflanzen (Armleuchteralgen, Laichkräuter) weichen und werden nach und nach durch unempfindlichere Arten (z.B. Rauhes Hornblatt) ersetzt.

Den Hauptbestandteil des pflanzlichen Planktons machen die Kieselalgen aus, deren relative Artenzusammensetzung Rückschlüsse auf den Trophiegrad und damit die Nährstoffbelastung zulässt.

Kieselalgen besitzen eine Schale aus Siliziumdioxid (daher der Name), die nach dem Absterben der Zellen erhalten bleibt, während der organische Anteil zersetzt wird.

Nimmt die Planktondichte in der oberen Wasserschicht (trophogene Zone) durch überhöhten Nährstoffgehalt übernormal zu, kommt es zur Eintrübung des Wassers und damit zur Abnahme der Sichttiefe. Das Licht dringt nicht mehr so weit vor, was zum Absterben der tiefer lebenden Pflanzen führt, weil dort keine Photosynthese mehr möglich ist. In diesem sogenannten tropholytischen Bereich wird (insbesondere durch heterotrophe Organismen) mehr Sauerstoff verbraucht als produziert. Herabsinkendes Plankton, das sich nahe der Wasseroberfläche massenhaft vermehrt hat, stirbt durch Verbrauch seiner Vorräte ab. Das Sauerstoffdefizit im Hypolimnion hat zur Folge, dass (zumindest vorübergehend) aerobe Destruenten durch anaerobe ersetzt werden, wodurch organisches Material nur unvollständig zersetzt wird. Es entsteht eine Faulschlammschicht aus Plankton-Detritus.

Normalerweise sind diese Verhältnisse typisch für eutrophe, vor allem aber poly- und hypertrophe Gewässer (ein Extrembeispiel wäre der Kleine Stadtsee zwischen Eberswalde und Britz), doch auch in den flachen Buchten des Parsteiner Sees kann es zu dramatischen Veränderungen kommen, wie es z.B. in der Pehlitzlaake der Fall war, aber auch der gesamte Nordteil hat (wie bereits erwähnt) stark unter der ständigen Nährstoffzufuhr gelitten. Hier haben sich vor allem Kieselalgen stark vermehrt, aber auch Blaualgen, die ja eigentlich gar keine Algen sind, sondern zu den Bakterien gehören - es handelt sich genau genommen um Cyanobakterien, die als Prokaryoten keinen abgetrennten Zellkern besitzen und daher auch nicht mit Algen verwandt sind. Sie gehören zu den ältesten Lebensformen auf unserer Erde, da ihre Stammesgeschichte fast so weit zurückreicht wie die des Lebens überhaupt, und zwar etwa 3,5 Milliarden Jahre.

Blaualgen sind die einzigen Bakterien, die zur Photosythese fähig sind und dabei sogar einen größeren Teil des Spektrums nutzen als grüne Pflanzen. Ihre effiziente Lichtverwertung ermöglicht es ihnen zudem, dunkle Bereiche zu besiedeln, in denen keine Pflanzen mehr leben können.

Doch nicht nur Schwebealgen vermehren sich bei Überdüngung massenhaft, auch Fadenalgen überwuchern die Makrophyten, wie es auf den Bildern oben zu sehen ist, und ersticken diese schließlich. Bei weiterer Eintrübung des Wassers und Verschlechterung der Lichtverhältnisse sterben auch sie ab und verbrauchen wiederum bei der Zersetzung viel Sauerstoff. Zum Schluss hinterlassen sie eine tote Landschaft.

Viele Gewässer unserer Umgebung (und nicht nur hier) haben unter dem Einfluss des Menschen stark gelitten. Unkontrollierter Nährstoffeintrag beschleunigte den Eutrophierungsvorgang und zerstörte die empfindlichen Ökosysteme.

Der Parsteiner See hat dies (insgesamt betrachtet) relativ gut überstanden und kann sich seit der Erklärung des Gebietes zum Biosphärenreservat wieder erholen.

Der Trophiegrad eines Gewässers ist also kein statischer Zustand, sondern durch schädliche Einflüsse leicht verschiebbar, was in hypertrophen Seen sein Extrem findet. In solchen Gewässern ist eine Wiederbesiedlung durch grundrasenbildende Armleuchteralgen kaum oder gar nicht mehr möglich, da die mächtigen Faulschlammschichten hierfür keine Voraussetzungen bieten, daher ist oft eine sukzessive und verhältnismäßig schnelle Verlandung die Folge.

Vom Ufer her bilden sich schwimmende Überhänge, deren dichtes Wurzelgeflecht sich immer weiter in Richtung Gewässermitte vorarbeitet. In den dunklen Bereichen darunter haben oft Raubfische ihre Verstecke, von denen aus sie ihre Beute überraschen, wie z.B. der tagaktive Hecht, aber auch den Wels findet man hier, wobei dieser solche Höhlen als Ruheplatz nutzt. In der Pehlitzlaake (westlich des Pehlitzwerder) findet man solche Szenerien, die mitunter etwas gespenstisch anmuten, wie auf der entsprechenden Seite „Pehlitzlaake“ zu sehen ist.

Stellvertretend für die oben angesprochenen Probleme durch intensive Viehzucht seien hier Kühe im Wasser gezeigt, wobei der Eintrag durch Einzeltiere verschwindend gering ist und diese Bilder daher nicht überzubewerten sind, obwohl, wenn es sich um eine ganze Herde handeln würde, die dadurch verursachten Trittschäden im Uferbereich nicht unerheblich wären.

Es soll nur erwähnt werden, dass gerade der Kuhmist ein sehr nachhaltiger, stickstoffreicher Dünger ist, der (in ausreichender Menge) dem See großen Schaden zufügen kann, deshalb ist das Ausbringen von Gülle auf benachbarten Feldern immer sehr problematisch.

Diese Bilder stammen übrigens aus den 1970er Jahren, sie wurden am Ufer des Pehlitzwerder aufgenommen. Bis zur Errichtung des Zeltplatzes weideten Kühe regelmäßig auf der Halbinsel.

Schematische Darstellung des Ursachengefüges, das zur Abnahme des Sauerstoffgehaltes im Wasser führt, worunter vor allem empfindliche Fischarten leiden. In kleinen, flachen Gewässern kann dies während langer und kalter Winter zum „Aussticken” führen, wie es im Winter 1995/96 unter anderem am Kleinen Plagesee oder am Lieper Krugsee zu beobachten war (siehe dort).

Die oberflächlich sichtbaren Zeichen der Überdüngung; flache Buchten sind besonders betroffen.

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Als Trophiegrad oder -stufe bezeichnet man die Intensität der Primärproduktion eines Gewässers, die vom Gehalt an gelösten Nährstoffen abhängt.

Man unterscheidet danach oligotrophe, mesotrophe, eutrophe, polytrophe und hypertrophe Gewässer.

Die Eutrophierung ist die Zunahme dieser Nährstoffe und korrelativ der Primärproduktion, die sich unter natürlichen Bedingungen über einen sehr langen Zeitraum vollzieht, also extrem langsam voranschreitet.

Der Parsteiner See weist primär und auch aktuell mesotroph-alkalische Verhältnisse auf (nach Mauersberger & Mauersberger 1996 primär oligotrophe), was allerdings (wie bereits erwähnt) nur für das Hauptbecken gilt.

Die mesotrophe Stufe bezeichnet mäßig mit Nährstoffen versorgte Gewässer mit Sichttiefen bis zu ca. 6 m.

Mit einem pH-Wert von 8,2-8,3 (Nordteil) und 8,4-8,6 (Hauptteil) reagiert der Parsteiner See schwach alkalisch. Der Nordteil wurde früher durch intensive Karpfenmast stark belastet. Zwei Tonnen Mais verfütterte man wöchentlich - Sauerstoffmangel und eine Plankton-Massenvermehrung waren die Folge, zeitweise wurden sogar Badeverbote ausgesprochen.

Außerdem beregnete man die umliegenden landwirtschaftlichen Felder mit dem Wasser des Sees, so entzogen ihm Pumpstationen jedes Jahr etwa 1,5 Millionen Liter. Intensive Tierhaltung in der Nachbarschaft produzierte große Mengen Gülle, die teilweise wieder in den See gelangten und das biologische Gleichgewicht empfindlich störten.

Diese Veränderungen innerhalb einer relativ kurzen Zeit (im Hinblick auf das Alter des Sees) werden in dem Fernsehfilm „Tauchexpedition im Pasteiner See” von Reiner Krause dargestellt  -  „ein Eutrophierungsprozess im Zeitraffertempo unseres Industriezeitalters“.

Zusammengetriebene Teppiche von Jochalgen (Zygnematales) in der großen als „Kuhbad“ bezeichneten Bucht, die mit der Prottenlanke verbunden ist, welche ihrerseits über den Nettelgraben in den Weißen See und dann weiter in den Amtssee entwässert.

Der Name „Kuhbad“ rührt von der Tatsache her, dass man hier früher die Rinder von den angrenzenden Koppeln ins Wasser ließ, wofür sich die ausgedehnte, flache Bucht gut anbot. In diesem Bereich befindet sich auch einer von zahlreichen unterseeischen Bergen, der so genannte „Kuhbadberg“: